Der Hafen von Agia Napa liegt am östlichen Ende der 1st October Avenue, wo ein flaches Becken dreiundvierzig Liegeplätze und einen funktionierenden Steg schützt, der seit den 1970er Jahren Fischkuttern dient. Der Yachthafenkomplex wurde 2012 eröffnet und ersetzte einen schmalen Betonsteg durch schwimmende Pontons, eine Tankstelle und eine gepflasterte Esplanade, die von Tamarisken gesäumt ist. Der Schiffsverkehr erreicht seinen Höhepunkt zwischen Mai und Oktober, wenn der Hafen durchschnittlich zweihundertzwanzig Abfahrten pro Woche abwickelt – Schnellboote, Katamarane und Segelyachten, die zur Blauen Lagune, den Meereshöhlen von Konnos und dem Meeresschutzgebiet Kap Greco unterwegs sind. Der Bootsverleih in Agia Napa hat sich von einer Handvoll familiengeführter Angelcharter in den 1980er Jahren zu einem Flotten-basierten Verleihsektor entwickelt, der Bareboat-Charter, Tageskreuzfahrten mit Skipper und Küstentouren mit mehreren Stopps anbietet. Die Lage des Hafens an der Südostküste Zyperns bietet direkten Zugang zur Halbinsel Kavo Greko, wo Kalksteinklippen senkrecht in Wasser abfallen, das in den Sommermonaten eine Sichtweite von fünfundzwanzig bis dreißig Metern aufweist. Die Turtle Cove, drei Seemeilen nordöstlich, ist nach wie vor ein Nistplatz für Grüne Meeresschildkröten, und die Blaue Lagune – eine flache Bucht zwischen felsigen Landzungen – verzeichnet im August Oberflächentemperaturen von sechsundzwanzig Grad Celsius. Die meisten Anbieter legen zwischen acht und zehn Uhr morgens ab und kehren am frühen Nachmittag zurück, um dem vorherrschenden Westwind zu entgehen, der nach zwei Uhr aufkommt. Die Mietflotte umfasst offene Schnellboote mit zwei Außenbordmotoren, Segelkatamarane mit Sonnendächern und Schnorchelplattformen sowie Luxusmotoryachten, die aufblasbare Spielzeuge und Riesenrutschen mitführen. Für den Bareboat-Charter sind ein gültiger Bootsführerschein und eine Kaution erforderlich; Kreuzfahrten mit Skipper beinhalten Treibstoff, Sicherheitsausrüstung und Routenplanung. Küstenrouten kombinieren in der Regel drei bis fünf Stopps – die Geisterstadt Famagusta, betrachtet von Hoheitsgewässern aus, die Meereshöhlen am Kap Greco und Badestopps in abgelegenen Buchten, die nur auf dem Wasserweg erreichbar sind. Das Catering an Bord reicht von Grill-Mittagessen auf Deckgrills bis hin zu gekühlten Mezze-Platten und lokalem Wein-Service. Der Bootsverleih in Agia Napa ist ganzjährig geöffnet, wobei von November bis März reduzierte Pläne gelten und die Seebedingungen geschützte Routen begünstigen. Der westliche Wellenbrecher des Hafens schützt das Becken vor dem vorherrschenden Wind und der Steinkai bietet direkten Fahrzeugzugang zum Beladen der Ausrüstung. Die Betreiber halten Funkkontakt mit der Küstenwache von Larnaca, und alle Schiffe führen GPS-Kartenplotter, VHF-Sprechfunkgeräte und Rettungswesten nach EU-Standard mit.