Le port d'Ayia Napa est situé à l'extrémité est de l'avenue du 1er octobre, où un bassin peu profond abrite quarante-trois postes d'amarrage et une jetée de travail qui sert aux chalutiers de pêche depuis les années 1970. Le complexe de la marina a ouvert ses portes en 2012, remplaçant une jetée en béton étroite par des pontons flottants, une station de ravitaillement et une esplanade pavée bordée de tamaris. Le trafic maritime atteint son maximum entre mai et octobre, période durant laquelle le port traite en moyenne deux cent vingt départs par semaine — vedettes rapides, catamarans et voiliers à destination du Blue Lagoon, des grottes marines de Konnos et de la réserve marine du Cap Greco. La location de bateaux à Ayia Napa a évolué depuis les années 1980, passant d'une poignée de charters de pêche familiaux à un secteur de location basé sur une flotte offrant de la location sans équipage, des croisières à la journée avec skipper et des circuits côtiers à arrêts multiples. La position du port sur la côte sud-est de Chypre donne un accès direct à la péninsule du Kavo Greko, où les falaises calcaires tombent verticalement dans une eau dont la visibilité atteint vingt-cinq à trente mètres durant les mois d'été. Turtle Cove, à trois milles marins au nord-est, demeure un site de nidification pour les tortues vertes, et le Blue Lagoon — une baie peu profonde entre des promontoires rocheux — enregistre des températures de surface de vingt-six degrés Celsius en août. La plupart des opérateurs partent entre huit et dix heures du matin, et rentrent en milieu d'après-midi pour éviter le vent d'ouest dominant qui se lève après deux heures. La flotte de location comprend des vedettes rapides à pont ouvert avec deux moteurs hors-bord, des catamarans à voile équipés de toits pare-soleil et de plateformes de snorkeling, ainsi que des yachts à moteur de luxe transportant des structures gonflables et des toboggans géants. La location sans skipper nécessite un permis de navigation valide et une caution ; les croisières avec skipper incluent le carburant, l'équipement de sécurité et la planification de l'itinéraire. Les itinéraires côtiers combinent généralement de trois à cinq arrêts — la ville fantôme de Famagouste vue depuis les eaux territoriales, les grottes marines au Cap Greco et des pauses baignade dans des criques isolées accessibles uniquement par la mer. La restauration à bord va des déjeuners barbecue préparés sur des grils installés sur le pont aux plateaux de mezze frais et au service de vin local. La location de bateaux à Ayia Napa fonctionne toute l'année, bien que les mois de novembre à mars voient des horaires réduits et des conditions maritimes favorisant les itinéraires abrités. La jetée ouest du port protège le bassin du vent dominant, et le quai en pierre permet un accès direct aux véhicules pour le chargement de l'équipement. Les opérateurs maintiennent un contact radio avec la station des garde-côtes de Larnaca, et tous les navires transportent des traceurs de cartes GPS, des émetteurs-récepteurs VHF et des gilets de sauvetage conformes aux normes européennes.