Il porto di Ayia Napa è stato aperto alle imbarcazioni da diporto nel 1987, trasformando un modesto molo di pescatori nel punto di partenza più trafficato dell'isola per le escursioni costiere. Oltre 240 crociere lasciano questi ormeggi ogni settimana durante l'alta stagione, trasportando i passeggeri verso est verso gli archi di pietra calcarea di Capo Greco o verso ovest lungo la costa di Famagosta. Le acque che circondano Ayia Napa mantengono una visibilità media tra i quindici e i trenta metri, una chiarezza che attira tutto l'anno gli amanti dello snorkeling verso siti come la Blue Lagoon e Turtle Cove. La topografia marina del distretto è definita da roccia sedimentaria depositatasi durante l'epoca del Miocene, circa dodici milioni di anni fa. Il sollevamento tettonico e millenni di azione delle onde hanno scavato le grotte marine che punteggiano la costa tra Ayia Napa e Protaras, creando passaggi naturali per il nuoto e baie riparate che formano la spina dorsale della maggior parte degli itinerari di crociera. Le tartarughe verdi e Caretta caretta utilizzano queste calette poco profonde come zone di alimentazione da aprile a ottobre, e gli avvistamenti raggiungono il picco al mattino presto, quando il traffico marittimo rimane scarso. La maggior parte delle rotte delle crociere in barca ad Ayia Napa segue uno di questi tre modelli: la rotta verso est per Capo Greco, che copre diciassette miglia nautiche e prevede da tre a cinque soste per il nuoto; il circuito occidentale verso la città fantasma di Varosha, che costeggia la zona cuscinetto offrendo viste degli hotel abbandonati dalle acque internazionali; e il circuito più breve della Blue Lagoon, un itinerario di quattro ore che privilegia lo snorkeling rispetto alla distanza. Le imbarcazioni variano da catamarani per quaranta passeggeri con barbecue a bordo a yacht di lusso per dodici ospiti dotati di scivoli d'acqua e lounge ombreggiate. Il porto stesso è delimitato da un lungomare pedonale dove i chioschi per i biglietti occupano i piani terra di edifici rivestiti in pietra risalenti al boom edilizio degli anni '90. Gli orari di partenza si concentrano tra le nove e le undici del mattino per sfruttare mari più calmi prima che si alzino i venti termici pomeridiani. Le corse di ritorno solitamente attraccano a metà pomeriggio, lasciando il porto libero per la flotta peschereccia serale. I biglietti per le crociere in barca ad Ayia Napa includono soste per il nuoto in zone marine designate dove l'ancoraggio è consentito secondo le normative costiere di Cipro, e la maggior parte degli operatori fornisce attrezzatura per lo snorkeling come dotazione standard. Il calendario stagionale va da fine marzo a inizio novembre, con luglio e agosto che rappresentano più della metà del carico annuale di passeggeri.