La Blue Lagoon si trova a due miglia nautiche a sud-est di Ayia Napa, dove la piattaforma calcarea di Capo Greco si immerge nel Mediterraneo in una serie di terrazze sommerse. La profondità dell'acqua raramente supera i sei metri nel bacino di un quarto di chilometro, e il fondale di marna bianca riflette il sole di mezzogiorno attraverso la colonna d'acqua, producendo la sfumatura ciano che dà il nome al sito. I geologi attribuiscono la formazione della laguna alla dissoluzione carsica durante il Pleistocene, quando i livelli del mare erano quaranta metri più bassi e i torrenti d'acqua dolce scavavano canali attraverso la formazione calcarea di Koronia. Con l'innalzamento dell'oceano, quei canali si sono allagati, lasciando una rete di baie poco profonde e grotte sommerse lungo il fianco orientale del capo. Le partenze delle barche commerciali dal porto di Ayia Napa sono iniziate all'inizio degli anni '90, in coincidenza con l'espansione della località come destinazione balneare mediterranea. Entro il 2010, la Blue Lagoon era diventata il sito offshore più visitato nel distretto di Famagosta, con gli operatori che registravano oltre ottantamila viaggi di passeggeri a stagione. Il Dipartimento della Pesca e della Ricerca Marina di Cipro ha designato le acque circostanti come zona protetta nel 2018, limitando le ancore alle zone sabbiose e restringendo la velocità delle imbarcazioni entro cinquecento metri dalla riva. Capo Greco stesso — un promontorio spazzato dal vento di macchia e calcare — è stato dichiarato parco forestale nazionale nel 1993, e le sue grotte marine, accessibili solo in barca, rimangono una delle caratteristiche geologiche distintive della costa. La maggior parte dei tour in barca alla Blue Lagoon di Ayia Napa segue un percorso in senso orario attorno al capo, partendo tra le nove e le dieci del mattino per raggiungere la laguna prima della folla di mezzogiorno. Le imbarcazioni vanno dai day cruiser in vetroresina che ospitano trenta passeggeri ai catamarani a due scafi dotati di tettoie ombreggianti e piattaforme per il nuoto. L'itinerario standard include una sosta per il bagno alla Blue Lagoon, un secondo ancoraggio alla Turtle Cove — dove le tartarughe caretta nidificano tra giugno e agosto — e un lento passaggio sotto le grotte marine, i cui interni voltati amplificano il rumore del moto ondoso. Alcuni operatori estendono il percorso verso nord fino alla costa di Famagosta, aggiungendo un pranzo barbecue e una terza sosta per il bagno vicino a Protaras. I tour ritornano al porto di Ayia Napa nel tardo pomeriggio, completando un circuito che copre circa dodici miglia nautiche e dura tra le quattro e le sei ore, a seconda del numero di soste e delle condizioni del mare.