Le port d'Ayia Napa a ouvert aux navires de plaisance en 1987, transformant un modeste quai de pêche en point de départ le plus fréquenté de l'île pour les excursions côtières. Plus de 240 croisières quittent ces postes d'amarrage chaque semaine pendant la haute saison, transportant les passagers vers l'est en direction des arches calcaires du cap Greco ou vers l'ouest le long du rivage de Famagouste. Les eaux entourant Ayia Napa présentent une visibilité moyenne comprise entre quinze et trente mètres, une clarté qui attire les amateurs de snorkeling sur des sites comme le Blue Lagoon et Turtle Cove tout au long de l'année. La topographie marine du district est définie par la roche sédimentaire déposée durant l'époque du Miocène, il y a environ douze millions d'années. Le soulèvement tectonique et des millénaires d'action des vagues ont sculpté les grottes marines qui ponctuent la côte entre Ayia Napa et Protaras, créant des passages naturels pour la baignade et des baies abritées qui forment l'ossature de la plupart des itinéraires de croisière. Les tortues vertes et caouannes utilisent ces criques peu profondes comme zones d'alimentation d'avril à octobre, et les observations atteignent leur apogée tôt le matin lorsque le trafic maritime reste léger. La plupart des itinéraires de croisière en bateau à Ayia Napa suivent l'un des trois modèles : l'itinéraire vers l'est jusqu'au cap Greco, couvrant dix-sept milles marins et s'arrêtant sur trois à cinq sites de baignade ; la boucle ouest vers la station balnéaire de la ville fantôme de Varosha, qui longe la zone tampon mais offre des vues sur les hôtels abandonnés depuis les eaux internationales ; et le circuit plus court du Blue Lagoon, un itinéraire de quatre heures qui privilégie le snorkeling sur la distance. Les navires vont des catamarans de quarante passagers avec barbecues à bord aux yachts de luxe de douze invités équipés de toboggans aquatiques et de salons ombragés. Le port lui-même est bordé par une promenade piétonne où les kiosques de billetterie occupent les rez-de-chaussée de bâtiments en pierre datant du boom de la construction des années 1990. Les heures de départ se situent entre neuf et onze heures du matin pour profiter de mers plus calmes avant que les vents thermiques de l'après-midi ne se lèvent. Les trajets de retour accostent généralement en milieu d'après-midi, laissant le port libre pour la flotte de pêche du soir. Les billets de croisière en bateau à Ayia Napa incluent des arrêts baignade dans des zones marines désignées où l'ancrage est autorisé selon la réglementation côtière de Chypre, et la plupart des opérateurs fournissent l'équipement de snorkeling en standard. Le calendrier saisonnier s'étend de fin mars à début novembre, juillet et août représentant plus de la moitié de la charge annuelle de passagers.