Le Lagon Bleu se situe à deux milles nautiques au sud-est d'Ayia Napa, où le plateau calcaire du cap Greco plonge dans la Méditerranée en une série de terrasses submergées. La profondeur de l'eau dépasse rarement six mètres à travers le bassin d'un quart de kilomètre, et le fond de marne blanche reflète le soleil de midi à travers la colonne d'eau, produisant le dégradé cyan qui donne son nom au site. Les géologues attribuent la formation du lagon à la dissolution karstique pendant le Pléistocène, lorsque le niveau de la mer était inférieur de quarante mètres et que des ruisseaux d'eau douce creusaient des canaux à travers la formation poreuse de Koronia. À mesure que l'océan montait, ces canaux ont été inondés, laissant un réseau de baies peu profondes et de grottes submergées le long du flanc est du cap. Les départs de bateaux commerciaux depuis le port d'Ayia Napa ont commencé au début des années 1990, coïncidant avec l'expansion de la station balnéaire en tant que destination de plage méditerranéenne. En 2010, le Lagon Bleu était devenu le site offshore le plus visité du district de Famagouste, avec des opérateurs enregistrant plus de quatre-vingt mille voyages de passagers par saison. Le Département chypriote des pêches et de la recherche marine a désigné les eaux environnantes comme zone protégée en 2018, limitant les ancrages aux zones sablonneuses et restreignant la vitesse des navires à moins de cinq cents mètres du rivage. Le cap Greco lui-même — un promontoire balayé par les vents composé de broussailles et de calcaire — a été déclaré parc forestier national en 1993, et ses grottes marines, accessibles uniquement par bateau, restent l'une des caractéristiques géologiques emblématiques de la côte. La plupart des excursions en bateau au Lagon Bleu d'Ayia Napa suivent un itinéraire dans le sens des aiguilles d'une montre autour du cap, partant entre neuf et dix heures du matin pour atteindre le lagon avant les foules de midi. Les navires vont des croiseurs de jour en fibre de verre pouvant accueillir trente passagers aux catamarans à deux coques équipés d'auvents et de plateformes de baignade. L'itinéraire standard comprend un arrêt baignade au Lagon Bleu, un deuxième ancrage à Turtle Cove — où les tortues caouannes nichent entre juin et août — et un passage lent sous les grottes marines, dont les intérieurs voûtés amplifient le bruit des vagues. Certains opérateurs prolongent l'itinéraire vers le nord jusqu'à la côte de Famagouste, ajoutant un déjeuner barbecue et un troisième arrêt baignade près de Protaras. Les circuits retournent au port d'Ayia Napa en fin d'après-midi, complétant un circuit qui couvre environ douze milles nautiques et dure entre quatre et six heures, selon le nombre d'arrêts et les conditions de la mer.